SMP Negeri 2 Yogyakarta melaksanakan pembelajaran daring mengikuti ketentuan Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta pada masa pandemi COVID-19.
Persiapan mencakup Pengenalan Lingkungan Sekolah melalui siaran langsung, ruang pembelajaran daring dengan komputer dan headphone, serta workshop penyusunan RPP khusus pembelajaran daring bagi guru.
Sekolah juga menerapkan pemeriksaan suhu, cuci tangan, jaga jarak, dan penggunaan masker bagi pengunjung. Peminjaman buku dilayani dengan sistem drive-through untuk mengurangi kerumunan.
Pertemuan virtual antara siswa baru, guru, dan wali kelas menjadi sarana saling mengenal sebelum pembelajaran tatap muka dapat berlangsung.