SMP Negeri 2 Yogyakarta menyelenggarakan vaksinasi massal bagi siswa pada 29 Juli 2021, pukul 08.00–11.00 WIB. Kegiatan dilaksanakan melalui kerja sama dengan Dinas Kesehatan, Poltekkes, dan SMP Negeri 6 Yogyakarta.
Sebanyak 25 guru dan karyawan bertugas mendampingi serta memantau siswa. Siswa yang sedang terpapar COVID-19 atau menjalani isolasi mandiri tidak mengikuti kegiatan tersebut.
Alur layanan mencakup pemeriksaan suhu, presensi, verifikasi data, pemeriksaan kesehatan dan tekanan darah, vaksinasi, serta observasi selama 30 menit. Seorang siswa yang merasa pusing diarahkan untuk beristirahat di UKS.
Pada sesi siang, tempat yang sama juga digunakan untuk vaksinasi siswa SMP 17-1 dan SMP Kristen Kalam Kudus. Dokumentasi kegiatan tersedia melalui tautan video.