Pada tanggal 18 – 19 Juni 2019, SMP Negeri 2 Yogyakarta telah menerima hasil seleksi bibit unggul dari seluruh SD di kota Yogyakarta. Proses seleksi sendiri diadakan di Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta dan sekolah hanya menerima hasil daftar ulang siswanya. Proses daftar ulang dimulai dari pengumpulan berkas bukti pendaftaran, mengisi daftar hadir, mengisi surat pernyataan Taat Tata Tertib Sekolah di SMP 2, dan mengisi data induk secara online. Terdapat 24 siswa yang telah lolos seleksi bibit unggul dengan nilai terendah 259,40 dan tertinggi 282,50 dari SD Muhammadiyah Purwodiningratan 1. Sekolah berharap dengan adanya bibit unggul ini dapat semakin mengharumkan nama SMP Negeri 2 Yogyakarta ke depannya.