Pada tanggal 24-25 Juni 2019 telah diadakan proses PPDB zonasi wilayah dimana jarak terjauh yang diterima adalah 0.522 m dan terdekat 0.286 m dari 71 siswa yang diterima  Penerimaan siswa baru berbasis zonasi wilayah menggunakan perbandingan jarak dan tidak melihat nilai yang ada. Hal ini mengakibatkan siswa yang rumahnya dekat dengan sekolah walaupun memiliki nilai rendah kemungkinan besar dapat diterima. Sementara untuk proses daftar ulang di tanggal 26-27 Juni 2019 juga menggunakan alur yang sama dengan bibit unggul.

Sedangkan pada tanggal 1 – 3 Juli 2019, SMP Negeri 2 Yogyakarta telah menerima verifikasi peserta didik melalui zonasi mutu, KMS, dan luar zonasi. Proses daftar ulang pada ketiga zonasi tersebut dimulai tanggal 3-5 Juli 2019 dari pengumpulan berkas bukti pendaftaran, mengisi daftar hadir, mengisi surat pernyataan Taat Tata Tertib Sekolah di SMP 2, dan mengisi data induk secara online.

Terdapat 24 siswa yang telah lolos seleksi KMS dengan nilai terendah 201,70 dan tertinggi 248,20 dari SD Negeri Lempuyangan 1.

Sedangkan untuk zonasi mutu memiliki nilai tertinggi 260, 0 dari SD Negeri Suryodiningratan 1 dan nilai terendah 225,3 dari 101 siswa yang diterima.

Sementara untuk luar zonasi terdapat 12 siswa yang diterima dengan nilai tertinggi 278,2 dari SD Muhammadiyah Nitikan dan nilai terendah 266,80. Sekolah berharap dengan adanya siswa baru ini dapat semakin mengharumkan nama SMP Negeri 2 Yogyakarta ke depannya.