Dengan adanya aturan baru dari pemerintah pusat dan Surat Edaran 061/050/W/2021 tentang Pemberlakukan Pelaksanaan Work From Home (WFH) di Lingkungan Pemerintah Kota Yogyakarta, maka seluruh guru dan karyawan SMP Negeri 2 Yogyakarta telah membuat jadwal terstruktur pembagian kerja WFH dan WFO yakni 75% untuk WFH dan 25% WFO (Work From Office). Pemberlakuan ini mulai berlaku dari tanggal 11 Januari – 25 Januari 2021 di masa PSKM (Pembatasan Sosial Kegiatan Masyarakat), dan melarang adanya kerumunan untuk menekan penularan Covid-19. Dengan adanya kebijakan ini, diharapkan dapat membantu menurunkan tingkat penularan virus COVID-19 di kota Yogyakarta, khususnya Propinsi DIY yang sudah masuk zona merah.