Seperti pada tahun-tahun sebelumnya, SMP Negeri 2 Yogyakarta kembali mengikuti Olimpiade Bebras Challenge yang dipromotori oleh Universitas Atma Jaya sebagai biro utama. Kompetisi internal di sekolah kali ini memiliki jadwal pelatihan sebanyak dua kali yakni tanggal 18 dan 25 Oktober 2019 guna mengikuti Olimpiade skala besar tanggal 11 November 2019 mendatang. Acara ini diikuti oleh 30 siswa dan 5 mahasiswa sebagai pendamping dari UAJY, juga guru pembimbing, Heni Pratiwi. Kompetisi internal ini berhasil memunculkan juara 3, 2 dan 1 yang meraih nilai terbaik, yakni masing-masing juara, Puput Ramadhani, Khalia Mumtaz, dan Putri Arta sebagai juara pertama dan ketiganya merupakan siswa kelas 7G program 4 semester.