SMP Negeri 2 Yogyakarta melaksanakan daftar ulang peserta didik jalur Bibit Unggul pada 18–19 Juni 2019. Seleksi dilakukan oleh Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta, sedangkan sekolah menerima peserta yang telah dinyatakan lolos.
Sebanyak 24 siswa diterima, dengan nilai terendah 259,40 dan nilai tertinggi 282,50. Peserta dengan nilai tertinggi berasal dari SD Muhammadiyah Purwodiningratan 1.
Proses daftar ulang meliputi penyerahan bukti pendaftaran, pengisian daftar hadir, surat pernyataan menaati tata tertib sekolah, dan data induk secara daring.