SMP Negeri 2 Yogyakarta melaksanakan PPDB jalur zonasi wilayah pada 24–25 Juni 2019. Sebanyak 71 siswa diterima melalui jalur yang mempertimbangkan jarak tempat tinggal dari sekolah, dengan daftar ulang pada 26–27 Juni 2019.
Verifikasi jalur zonasi mutu, KMS, dan luar zonasi berlangsung pada 1–3 Juli 2019. Daftar ulang ketiga jalur tersebut dilaksanakan pada 3–5 Juli 2019.
Jalur KMS menerima 24 siswa dengan nilai 201,70–248,20; nilai tertinggi berasal dari SD Negeri Lempuyangan 1. Jalur zonasi mutu menerima 101 siswa dengan nilai 225,3–260,0; nilai tertinggi berasal dari SD Negeri Suryodiningratan 1. Jalur luar zonasi menerima 12 siswa dengan nilai 266,80–278,2; nilai tertinggi berasal dari SD Muhammadiyah Nitikan.
Daftar ulang mencakup penyerahan bukti pendaftaran, pengisian daftar hadir, surat pernyataan menaati tata tertib, dan data induk secara daring.