Sejak diterapkannya kota Yogyakarta sebagai zona oranye dalam masa pandemi Covid-19, maka sekolah SMP Negeri 2 Yogyakarta juga ikut dalam aturan Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta untuk masih tetap menyelenggarakan kegiatan pembelajaran secara daring. Dalam penyelenggaraan pembelajaran jarak jauh secara daring, maka sekolah mempersiapkan segala sesuatunya, termasuk PLS (Pengenalan Lingkungan Sekolah) secara live streaming , kelas khusus pembelajaran daring lengkap dengan komputer dan headphone, juga spanduk masing-masing kelas. Selain itu, ada workshop mengenai pembuatan RPP khusus pembelajaran daring bagi guru, sehingga diharapkan dalam satu semester ke depan, semuanya akan siap.

Beberapa protokol kesehatan juga dilakukan seperti pengecekan suhu tubuh dengan thermogun, mencuci tangan, jaga jarak, dan wajib memakai masker bagi siapa saja yang datang selama berada di sekolah. Bahkan, pelayanan peminjaman buku juga dilaksanakan secara sistem drive thru, sehingga tidak membuat banyak kerumunan massa. Selain itu, juga diadakan virtual meeting dengan para siswa baru dengan para guru dan wali kelas sehingga mereka dapat mengenal walaupun belum pernah bertemu tatap muka.

Semoga pandemi Covid-19 segera berlalu, dan para siswa dapat bersekolah kembali.