Berita adanya gempa dan tsunami yang melanda Palu, Donggala, Sigi dan sekitarnya tidak membuat pihak sekolah lupa hati. Untuk itu, pada hari Jumat, 5 Oktober 2018 lalu, seluruh siswa, guru dan karyawan SMP Negeri 2 Yogyakarta dengan tulus ikhlas memberikan donasi melalui koran Kedaulatan Rakyat untuk disumbangkan ke daerah-daerah tersebut. Acara donasi tersebut diantar langsung ke kantor KR oleh Bapak Widayat Umar selaku kepala sekolah, sie humas, dan waka kurikulum. Sekolah sangat mengharapkan dengan adanya donasi ini, dapat meringankan beban para korban gempa dan tsunami di daerah tersebut.