SMP Negeri 2 Yogyakarta bekerja sama dengan Dinkes dan Poltekkes juga SMP N 6 Yogya untuk melaksanakan vaksinasi massal bagi seluruh siswa SMP Negeri 2 Yogyakarta. Event tersebut bertempat di SMP Negeri 2 Yogyakarta, pada hari Kamis 29 Juli 2021 dimulai pukul 08.00-11.00 WIB, dan diikuti oleh hampir sebagian besar siswa, kecuali yang sedang terpapar ataupun isoman. Acara vaksinasi massal tersebut juga melibatkan 25 petugas, baik dari guru dan karyawan SMP Negeri 2 Yogyakarta untuk mendampingi dan memantau siswa selama vaksinasi berlangsung hingga selesai. Selain SMP Negeri 2 Yogyakarta, juga di sesi siang ada sekolah lain yang ikut vaksinasi di tempat yang sama, yakni SMP 17-1 dan SMP Kristen Kalam Kudus.

Proses vaksinasi dimulai dengan pengecekan suhu, pendaftaran di bagian presensi siswa, kemudian beralih antri di meja 1 untuk verifikasi data, screening dan ukur tensi. Selanjutnya ke meja 2 yaitu bagian vaksinasi, dan meja 3 untuk observasi selama 30 menit. Jika setelah dipanggil di meja 3, kondisi setelah divaksin tidak ada masalah, maka siswa diperbolehkan pulang. Namun, ada satu siswa yang merasa pusing, dan sudah diminta ke ruang UKS untuk istirahat sebentar. Acara yang berlangsung walau sangat padat tersebut berjalan lancar dan sebagian besar siswa tidak ada masalah setelah vaksinasi massal tersebut.

link video Event Vaksinasi Massal 1 29 Juli 2021